Tóm tắt:

Xây dựng mô hình pharmacophore cho các hợp chất có tác dụng ức chế enzyme NS3 protease; (2) Từ mô hình pharmacophore thiết lập được, đề tài tiến hành sàng lọc các chất có tác dụng ức chế enzyme NS3 protease từ thư viện ZINC (ZINC database) với công cụ ZINCPharmer. Đối tượng và phương pháp: Xây dựng mô hình pharmacophore thông qua docking hợp chất tham chiếu (hợp chất 1) vào enzyme NS3 protease (PDB ID: 5H4I), sử dụng công cụ ZINCPharmer để sàng lọc ảo từ thư viện ZINC và đánh giá bằng phương pháp docking phân tử thông qua phần mềm AutoDock Vina. Kết quả: Nghiên cứu xây dựng thành công mô hình pharmacophore đặc trưng với ba vòng thơm (Ar), một nhóm kỵ nước và hai nhóm nhận hydro. Sàng lọc ảo từ 21.777.093 hợp chất trong thư viện ZINC thu được 24 hợp chất phù hợp với mô hình pharmacophore. Trong đó, 10 hợp chất thỏa mãn quy tắc Lipinski. Sau đó, thực hiện docking những hợp chất này, kết quả cho thấy năng lượng liên kết với NS3 protease dao động từ -7,5 đến -8,1 kcal/mol. Đặc biệt, hợp chất ZINC08961480 có năng lượng liên kết thấp nhất (-8,1 kcal/mol) và tạo nhiều tương tác quan trọng với các dư lượng amino acid, bao gồm liên kết hydro (Ser135, Tyr150), tương tác π-π xếp chồng (Tyr161), tương tác π-alkyl và alkyl (Val36, Ala132). Kết luận: Nghiên cứu đã xây dựng thành công mô hình pharmacophore, phục vụ sàng lọc các hợp chất có khả năng ức chế enzyme NS3 protease. Từ thư viện ZINC, 24 hợp chất tương thích với mô hình được sàng lọc, trong đó có 10 hợp chất đáp ứng quy tắc Lipinski. Đặc biệt, hợp chất ZINC08961480 có ái lực liên kết nổi trội và tiềm năng phát triển thành thuốc điều trị virus Zika nhờ khả năng tương tác tốt với vị trí hoạt động của enzyme NS3 protease.